Si Mouthier-Haute-Pierre tire son nom du monastère qui s'y implanta au IXe siècle ( Monasterium Alta Petrae) son site fut habité dès la préhistoire, comme l'attestent les vestiges retrouvés dans la grotte de la Baume Archée, dans les gorges de Nouailles.
Des objets des périodes celtique et gallo-romaine, découverts dans la grotte des Faux Monnayeurs, témoignent d'une continuité dans l'occupation de ce fond de vallée.
La commune est réputée pour ses vergers de cerisiers et la fabrication de kirsch artisanal. Elle est baignée par la Loue qui prend sa source à proximité. Une brasserie de bières y a vu le jour récemment.