Depuis 1928, la goélette est équipée d’un moteur installé dans la salle des machines, construite au détriment de l’espace destiné à la cale. La motorisation obligea à embarquer un marin spécialisé en moteur, le mécanicien.
La Santa Eulàlia dispose d’un moteur principal, à 6 cylindres et 370 chevaux et d'un moteur auxiliaire à 4 cylindres et 70 chevaux, qui lui permettent de naviguer à moteur pour rentrer et sortir des ports ou lorsque les conditions de navigation l'exigent.
Comme pour la plupart des moteurs de marine, le carburant utilisé est le gasoil, qui est stocké dans des réservoirs d'une capacité de 8 000 litres. L’autonomie du bateau est de 2 000 milles (environ 3 750 km).
Les moteurs de la Santa Eulàlia permettent d’atteindre la vitesse de 8 nœuds (soit 15 km/h, un nœud équivalant à une mille nautique à l’heure).