Géré par le ports de Paris, le port de Bonneuil-sur-Marne est la deuxième installation en importance (1 Mt). Une plate-forme stratégique de l’Est parisien, le terminal à conteneurs bénéficie des infrastructures de la 2e plate-forme multimodale francilienne. Avec ses 186 hectares à 8 km de Paris, le grand port du sud-est de la capitale offre en location, des terrains industriels viabilisés, des terre-pleins, des locaux d'activités, des entrepôts et des bureaux d'accompagnement sur 200 000 m2. Il accueille 150 entreprises et dispose d’un terminal ferroviaire, véritable atout pour les entreprises qui choisissent de s’y implanter. Le terminal à conteneurs fluviaux de 1,2 ha, capacité fluviale de 25 000 EVP est desservi par les lignes fluviales régulières le reliant au Havre et à Rouen via Gennevilliers.
En février 2010, à l'occasion de ses quarante ans, le port autonome de Paris adopte une nouvelle dénomination commerciale et devient Ports de Paris (PDP). À partir de la fin 2013, il participe au groupement d'intérêt économique « HAROPA », regroupant les ports du Havre, de Rouen et de Paris.