Des fouilles menées à Flogny ont permis de mettre à jour des sépultures gallo-romaines. Cependant dans son livre édité en 1973 "Tonnerre et son Comté", Jean Fromageot émet un avis réservé sur le lieudit "camp romain" le long de l'Armançon, dont l'origine serait postérieure à cette époque.
Via la Seine, l'Yonne et l'Armançon, les Normands menèrent de nombreuses incursions jusqu'en amont de Tonnerre.
En 1726 la peste ravage Flogny. De plus cette année-là, un incendie détruisit presque entièrement le village. Lors de la reconstruction, les villageois décidèrent de détruire les murailles qui ceinturaient le bourg et de les remplacer par une promenade ombragée.
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