De oorspronkelijke abdijkerk, gewijd aan de heilige Petrus, Paulus en Quirinus is gebouwd in renaissancestijl en in de vorm van een latijns kruis naar het ontwerp van de Luikse architect Charles-Antoine Galhausen uit ST Vith afkomstig. Aan de voorgevel prijken twee klokkentorens met aan één zijde de beiaard. Haar uniek kerkschip zonder steunpilaren, dat door een enorm dwarsschip gekruist wordt, verrast door zijn grootte en de enorme lichtinval. Het hoofdaltaar, aangebracht in 1877, is versierd met reliekschrijnen. De zijaltaren zijn afkomstig uit de parochiekerk Sint-Géréon ,die in 1822 werd afgebroken. Op één van beide (in het westen) vindt men een beeld van de heilige maagd toegekend aan Jean Delcour. In de kathedraal bevindt zich ook de schrijn met de relikwieën van de heilige Quirinus en Gereon. Na 1795, na de inlijving van het prinsdom door de Franse Republiek, doet de kerk een tijdlang dienst als paardestal en winkel voor de bezettingstroepen. In 1817 koopt Henri Steinbach de kerk en schenkt ze aan de gemeente Malmedy, die hier haar parochiekerk inricht. Van 1921 tot 1925, onder het bewind van generaal baron Baltia, wordt zij de zetel van het kortstondig diocees Eupen-Malmedy en verheven tot de rang kathedraal. Ondertussen werd ze door de commissie monumenten en landschappen geklasseerd.