La levée de la Loire, façonnée par l'Homme au fil des siècles, a considérablement modifié les paysages et la répartition des habitats liés à la dynamique du fleuve. Avec le temps, une flore particulière, tantôt apparentée à des pelouses sableuses, tantôt prairiales s'est développée sur l'ouvrage. Aujourd'hui, de nombreuses espèces patrimoniales se sont installées sur les levées, c'est également le cas pour la levée du port de Saint-Benoît-sur-Loire.
Côté Loire, la végétation, bénéficiant des limons apportés par la Loire, est plus haute (prairiale), tandis que le côté opposé abrite plutôt des pelouses oligotrophiles (cortège d'espèces nécessitant un sol très peu riche en matière organique).
Un paragraphe complémentaire est dédié à chacune de ces végétations.
La végétation, verdoyante et haute de ce côté de la levée, indique un apport régulier en matière organique par le fleuve. Des espèces typiques des grands cours d'eau peuvent être observées, comme l'Aristoloche (Aristolochia clematitis), l'Euphorbe ésule (Euphorbia esula) ou l'Alysson blanc (Berteroa incana).
Au plus près du fleuve, un cortège d'espèces exotiques envahissantes prend le dessus sur la flore indigène, qui est progressivement remplacée. Ainsi, la Jussie à grandes fleurs, la Lampourde orientale, l'Ambroisie et les Asters américains sont prédominants...
Coupé de la dynamique fluviale et de ses apports de limons, ce côté de la levée est radicalement différent de l'autre. Des pelouses rases abritant beaucoup d'espèces annuelles et de petite taille se développent à chaque printemps.
Les espèces les plus remarquables que l'on peut y rencontrer sont :
- Le Trèfle de Molineri (Trifolium incarnatum var. molinerii), espèce typique des levées de la Loire, qui se reconnait à sa belle inflorescence rouge dégradée de blanc au sommet. Ce dernier est accompagné de plusieurs autres trèfles : le Trèfle strié (T. striatum), le trèfle des champs (T. arvense), le trèfle champêtre (T. campestre) ou encore le trèfle douteux (T. dubium) ;
- La Laîche de Loire (Carex ligerica), espèce protégée et sa proche cousine, la Laîche précoce (Carex praecox), petites espèces vivaces et discrètes, patrimoniales ;
- la Phléole de Boehmer (Phleum phleoides), graminée peu fréquente des pelouses sableuses ;
- La Véronique douteuse (Veronica orsiniana), reconnaissable à ses longues grappes de fleurs d'un bleu intense.
Dans le but de valoriser et de mieux prendre en compte la flore des sentiers de randonnées et plus largement celle du territoire du Loiret, un partenariat s'est constitué entre le Département et la délégation Centre-Val de Loire du Conservatoire botanique national du Bassin parisien.
Ces deux structures travaillent depuis de nombreuses années en étroite collaboration, entre autres pour allier entretien des emprises routières végétalisées et protection de la flore, et depuis 2015 sur les sentiers de randonnée. L'objectif de ce dernier axe est notamment de souligner auprès des promeneurs les richesses botaniques que recèlent les nombreux circuits qui parsèment le département.