La lagune d'El Junco a une superficie de 60 000 m2 et son volume est de 360 000 m3, ce qui équivaut à 9 millions de gallons d'eau.
Son diamètre est de 270 m. et sa profondeur maximale est de 6 m. Il est alimenté uniquement avec de l'eau de pluie, pendant la saison sèche son niveau d'eau diminue jusqu'à 1 m. Lors des fortes pluies, son niveau augmente jusqu'à ce que l'eau déborde et forme un ruisseau.
La lagune d'El Junco est située à 19 kilomètres de Puerto Baquerizo Moreno, à l'intérieur d'un grand volcan, aujourd'hui éteint, son nom vient d'un type de plante qui est commun dans ses environs, appelé "junco". Le lagon est également entouré par la Miconie, une fleur endémique des Galápagos, et est l'un des sites préférés des frégates.
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