Montbenoît est chef-lieu de canton de l'arrondissement de Pontarlier. Siège de la communauté de communes du canton de Montbenoît,
Montbenoît fait partie du pays du Saugeais.
En 1947, le Saugeais s'est constitué en « République » autoproclamée. Monbenoît s'est développé autour d'une abbaye qui occupa un rôle local important.
Vers 1050, un ermite du nom de Benoît vient s'installer sur un territoire alors inhabité et couvert de forêts. Il y fonde une abbaye avec l'aide de Landry de Joux, cette maison participait par ses donations à l'enrichissement de l'abbaye. Une communauté de chanoines réguliers placés sous la règle de Saint-Augustin, issue de l'abbaye de Saint-Maurice en Valais, vient au XIIe siècle s'y installer et agrandit l'abbaye à partir de 1141, qui devient par la suite une seigneurie ecclésiastique, jusqu'à la Révolution.
L'abbaye, édifiée du XIe siècle jusqu'au XXe siècle (clocher, voûte en bois, parties attenantes), est remarquable par l'évolution architecturale qu'elle présente (cloître des XIIe et XVe siècle siècles, chœur gothique flamboyant du XVIe siècle, stalles sculptées Renaissance tardive, peintures, deux chapelles, voûtes en croisée d'ogives et en berceau, cuisine voûtée...). L'intérieur fut vandalisé au XVIe siècle par les armées de Bernard de Saxe-Weimar (appelées "les Suédois", en fait des recrues allemandes), mobilisées par Richelieu pour tenter de s'emparer de la Bourgogne.
En raison de guerres et d'incendies, c'est le seul ensemble religieux médiéval conservé dans le Doubs.