Le village s'est implanté dans le val, à 950 m d'altitude, et se présente comme un village rue. Il s'étire en longueur sur le versant le mieux exposé au soleil et se trouve légèrement en contrebas de la route départementale qui relie Pontarlier à Morteau.
Depuis 1982, date de la plus faible population de son histoire, le village voit sa population et ses constructions augmenter de manière significative ce qui est certainement dû à sa situation frontalière, qui offre la possibilité de travailler en Suisse.
On peut observer des phénomènes karstiques (dolines, lapiez) sur le mont d'Hauterive. Outre le ruisseau des Étraches, il y a deux sources, celle du Pâquier et celle du bief de la Reine.
Les Alliés fait partie du Saugeais, à la fois république folklorique et territoire historique de la Franche-Comté
On peut enfin noter que la commune des Alliés est propriétaire de 70 ha en Suisse.