Cette commune est le résultat de l'association de deux villages. Remoray est situé à l'extrémité du lac qui porte son nom et est limitrophe au département du Jura. Boujeons, quant à lui, est séparé de Remoray par environs trois kilomètres, et longe également la frontière Jura-Doubs en direction de la pointe extrême sud du département du Doubs.
Ces deux communes offrent chacune leurs propres particularités :
- Boujeons est un village caractéristique de ce que l'on appelle 'village rue', de part sa longueur et l'espacement de ses habitations.
- Remoray lui se distingue par l'implantation de sa superbe grand place. Sa particularité se situe par le groupement église-mairie-café avec au centre de ce triangle le monument aux morts.
On pourra également, dès que sa réfection sera terminée, visiter l'ancien presbytère réhabilité en 'maison du patrimoine' dans laquelle on pourra admirer un papier peint panoramique classé.
Le lac de Remoray est situé sur le territoire des communes de Remoray-Boujeons et de Labergement-Sainte-Marie, C'est un lac d'altitude (850 m) situé en plein cœur des hautes-chaînes du massif du Jura. Il occupe le fond d'une cuvette d'origine glaciaire qui appartient au système synclinal crétacé Remoray - Saint-Point.
A 850 m d'altitude, il couvre 95 ha;
La Drésine est un des cours d'eau qui alimente le lac de Remoray. C'est un ruisseau pépinière remarquable faisat l'objet d'un suivi scientifique rigoureux et très instructif. La faune, riche, comprend plus de 70 espèces d'oiseaux nicheurs qui trouvent, en bordure du lac, une grande quantité d'insectes, ressource alimentaire importante. Le lac et son environnement végétal constituent un site d’hivernage et de migration de premier ordre pour les oiseaux d’eau.
Le lac de Remoray est le centre d'une réserve naturelle nationale depuis 1980, valorisée par une Maison de la Réserve fort intéressante à visiter au travers de la mise en scène des animaux et végétaux.