Petite ville du Haut-Doubs, nichée dans une vallée au cœur du massif du Jura, elle doit son développement notamment à l'industrie horlogère qui apparut dans la région à la fin du XVIIIe siècle.
La ville est également connue pour sa gastronomie, symbolisée par sa spécialité de renommée nationale, la saucisse de Morteau.
La proximité de la Suisse (10 km du canton de Neuchâtel) procure à la fois du travail pour nombre de frontaliers, mais aussi, dans l'autre sens une belle clientèle pour les commerces du Val de Morteau favorisé par la taux de change favorable du Franc suisse.
Depuis des millions d'années, le Doubs coulait dans toute la région de Morteau au fond de profondes gorges.
Il y a 12 000 ans, un gigantesque accident naturel survient en aval de Morteau : les rives calcaires s'effondrent, obstruant complètement les gorges, créant une vaste retenue naturelle. Le Doubs monte, il envahit ses gorges et la vallée avoisinante sur plus de 15 kilomètres, jusqu'en amont de Morteau : le lac de Chaillexon est né. A force de se remplir, le bassin de Chaillexon finit par déborder : retrouvant son lit après cette déviation, le Doubs se précipite avec fracas des 27 mètres du haut des gorges du Doubs vers le fond : c'est le saut du Doubs.