En 1476, un rocher tombe sur la chapelle Notre-Dame. C'est le premier d'une série de malheurs. Les guerres de religion mettent en péril le sanctuaire catholique de Rocamadour. En 1562 le Capitaine Bessonie attaque Rocamadour et détruit une grande partie du site. Ce n'est qu'au 19e siècle que Rocamadour retrouve sa splendeur passée et entame sa résurrection.
Au début du 19e siècle, Rocamadour est en ruines, abandonné par la plupart des commerçants et des pèlerins. Seules la basilique et 2 chapelles sont encore en activité, et des arbres poussent dans le Grand Escalier. Grâce à l'initiative des abbés Caillau et Chevalt, la restauration et la reconstruction du sanctuaire commence. Les travaux sont financés en partie par l'évêque de Cahors, qui lance en 1855 une loterie pour récolter des fonds. Peu à peu, les pèlerins recommencent à gravir en nombre les marches du Grand Escalier.