Bien que la date de sa construction soit difficile à déterminer, il existe à Port-Lesney un pont en pierre à trois arches dès le XVe siècle permettant au village de devenir un point de passage privilégié vers Besançon. Du fait de sa conception ancienne (larges piliers et voûtes peu élevées), le pont provoque d'importantes inondations en période de crue. Afin de remédier à cette nuisance, une quatrième arche est construite à la fin du XVe siècle, puis une cinquième fin XIXe siècle.
Après une crue particulièrement importante en 1931, une enquête est lancée pour la réalisation d'un nouveau pont, qui offrirait moins de résistance à l'écoulement de la rivière. La construction du nouveau pont débute en 1938, et s'achève en 1940. Enfin, onze ans après la construction d'un pont plus moderne, le premier est finalement détruit en 1951. Seule une arche est alors conservée. Le village présente donc la particularité d'avoir possédé deux ponts pendant plus de dix ans, de 1940 à 1951.
Notre-Dame de Lorette.
La chapelle de Lorette est accessible à partir de la route qui rejoint Port-Lesney à Cramans, et bénéficie d'une très belle vue sur la vallée de la Loue en contrebas.
Cet ermitage a été construit en plusieurs étapes : le chœur, aux murs très épais, constitue la partie la plus ancienne (construction estimée au XIVe siècle), des chambrettes attenantes dateraient du début du XVIIe siècle, une nef du début du XVIIIe siècle et une grande salle soudée au chœur par son mur nord-est de construction moderne. À l'extérieur, on peut admirer un magnifique toit en pierre.
Cuvette de Perrichon
La commune abrite la « cuvette de Perrichon », un des bâtiments de transit de la saumure sur le saumoduc reliant Salins-les-Bains à la Saline royale d'Arc-et-Senans. Datant de la fin du XVIIIe siècle, le bâtiment est inscrit aux monuments historiques depuis 2009.