L'église de Lhuis est de construction typiquement romane, mais, comme toutes les églises elle porte la trace de constructions étalées au fil des siècles. Son abside est classée aux Monuments Historiques.
La première particularité de l'église de Lhuis est d'être construite sur l'emplacement d'un sanctuaire païen gallo-romain. Elle témoigne donc de plus de 2000 ans de culte religieux.
Après le culte gallo-romain, une première paroisse chrétienne est mentionnée en 859. Puis, un prieuré est fondé en 1191 par les moines bénédictins de l'abbaye de Saint-Rambert en Bugey. L'architecture s'est ensuite modifiée au fil des siècles, du Moyen-Age à nos jours.