
L’église est construite aux alentours des années 979-985. Lorsque le pape Grégoire V confirme son rattachement à Cluny, le monastère est dédié à Notre-Dame. Jusqu’au XVIe siècle, le prieuré voit se succéder plus de vingt moines appartenant aux grandes familles du Bourbonnais, du Forez et du Velay. Il est entretenu grâce aux nombreux dons de la noblesse de la région. Il est alors considéré comme faisant partie des plus importants du diocèse de Clermont ; en plus d’être constitué de vignobles, de prés et d’étangs, c’est le prieuré de Ris qui exerce son autorité sur plus de 24 kilomètres à la ronde.
Le déclin de l’établissement s’observe à partir de la Révolution française.
Elle est aujourd’hui davantage connue sous le nom d’église Sainte-Agathe. Elle est classée Monument Historique en 1995, de même que les peintures des XII et XVe siècles se trouvant à l’intérieur.