Edifiée entre la fin du XIIIe siècle et le milieu du XIVe, l'église du couvent des Franciscains de Colmar est acquise par la ville au milieu du XVIe siècle. Elle devient en 1575 l'église protestante Saint-Matthieu. A la même époque, ses bâtiments conventuels, aujourd'hui disparus, sont transformés en hôpital. De 1715 jusqu'à la Deuxième Guerre mondiale le chœur de l'édifice sert ainsi de chapelle catholique à l'hôpital, d'où la présence des deux clochetons au sommet de la toiture.