Dernier grand complexe marécageux des plateaux du Doubs, le marais de Saône est une vaste zone humide d’environ 750 ha. Doté d’une mosaïque diversifiée de milieux humides (1), il héberge encore une faune et une flore de très grand intérêt. Les eaux transitant à travers le marais contribuent à l’alimentation de la source d’Arcier. Cette dernière représente un enjeu capital dans la ressource en eau de Besançon puisqu'elle alimente 45% de la population de la ville (soit quelques 55 000 habitants).
Ce marais a toutefois subi un nombre important d’atteintes (drainage, abandon, urbanisation, pollutions diverses, etc.) qui altèrent de façon prononcée ses fonctionnalités de zone humide. La prise de conscience progressive de l’obligation de préserver cette zone a conduit en septembre 2000 à la création du Syndicat mixte du marais de Saône.
Ces marais sont classés désormais Espace Naturel Sensible.