Petite ville du haut-Doubs, nichée dans une vallée au cœur du massif du Jura, elle doit son développement notamment à l'industrie horlogère qui apparut dans la région à la fin du XVIIIe siècle. La ville est également connue pour sa gastronomie, symbolisée par sa spécialité de renommée nationale : la saucisse de Morteau.
À l'origine la saucisse de Morteau est produite sur les plateaux et montagnes du massif du Jura du haut-Doubs à une altitude supérieure à 600 m. La ville de Morteau se retrouve précisément au centre de l'aire traditionnelle des tuyés (ferme traditionnelle du Haut-Doubs avec sortie de tuyé sur le toit).
En 2006 une demande d'IGP est formulée sur ce produit et est obtenue en août 2010. La zone de production a ainsi été étendue à la seule Franche-Comté en totalité, incluant ainsi les salaisonniers de la plaine afin de clarifier le marché entre fabricants « du haut » et ceux « du bas ».
Elle est plus grosse, un peu plus grasse et plus fumée que la saucisse de Montbéliard.