Le château fort de Clairvaux-les-Lacs occupait autrefois la pointe nord du plateau sur une esplanade de 4 hectares. Il fut commandé au XIIIème siècle par les sires de Cuiseaux.
Bâti à un point stratégique d'une croisée des routes de Salins, Lons-le-Saunier, Orgelet et Genève, le château comptait de fortes murailles crénelées et des portes pourvues de puissants ponts-levis.
Délaissé après l'incendie et les pillages de 1637, il ne reste des murailles que quelques reliefs et du château une haute tour ronde à trois étages, ouverte de trois fenêtres à pilastres et frontons triangulaires, coiffée d'un toit en poivrière.
L'intérieur de la tour est fermé au public.