L'île aux Juifs appartenait à l'abbaye Saint-Germain-des-Prés et fut, en 1313, le théâtre du supplice de Jacques de Molay, grand-maître de l'ordre des Templiers qui fut brûlé vifs et qui protesta de son innocence sur le bûcher. Près d'elle était l'île à la Gourdaine, sur laquelle se trouvait un moulin. Ces deux îles furent concédées par Henri IV à Achille de Harlay, qui les réunit à la Cité.