Blotti au creux d'une colline qui semble le protéger, le vieux village de Pugey est bâti sur un site accueillant. Groupé autour de l'église et du « château », il est entouré de lotissements qui témoignent de l'évolution économique et sociale qui marque la fin du XXe siècle et le début du XXIe siècle.
Desservi par plusieurs voies de communication, Pugey compte 6 hameaux et écarts dont on ne connaît pas toujours l'origine. Outre les Lhommes, les Bévalots et la Petite Suisse, on sait que le Bonnet Rond s'appelait autrefois Bois Noironte ou Bois Noront et relevait d'un cadet de la famille d'Arguel, Antoine, « seigneur de Noironte et de Beure en partie ».