Les terres de Port-Saint-Père ont été occupées très tôt. Des sarcophages mérovingiens ont été retrouvés au 19e siècle dans son bourg et des vestiges gallo-romains d'un premier édifice de traversée de l'Acheneau ont aussi été identifiés.
La toponymie prend ici tout son sens. A l'origine, Portu Sancti Petri signifie le passage dédié à Saint-Pierre et s'est transformé en "le port saint père".
Au Moyen-Âge, des forteresses féodales vont s'implantées le long du Tenu. C'est le cas des seigneuries de la Tour et de la Rivière sur la paroisse de Portu Sancti Petri.
Situé sur la route du sel (de Bourgneuf-en-Retz à Nantes), le port de la Morinière est devenu un passage stratégique et il s'est ainsi très vite développé. L'activité économique a alors enrichi ces seigneurs.
Des familles de bateliers vont alors s'imposer dans la commune dès le début du 18e siècle.
De 1889 à 1938, l'Acheneau a surtout servi pour le transfert d'énergie (bois, pierres ou sables). Les chargements se faisaient sur la chalandière. En 1881, le port de la Morinière connait un trafic considérable et ce jusqu'au début du 20e siècle.