La agradable discreción arquitectónica de este monasterio y del adjunto “Cuarto Real” de Carlos V contrastan con la fama mundial del lugar y el nivel casi mítico que alcanzó en la cultura de la Edad Moderna como lugar de retiro del Emperador, que tras abdicar hizo de este monasterio jerónimo el refugio donde prepararse para su muerte, que tuvo lugar aquí el 21 de septiembre de 1558.