A construção da igreja iniciou-se em 1241 e entretanto foi sujeita a diversas alterações. Aqui foi o convento de S. Domingos, local onde a inquisição proclamava as suas sentenças.
Nunca uma igreja em Lisboa, sofreu tantos desastres como esta; o terramoto de 1531 e 1755 e o grande incendio de 1959. Ainda se notam os sinais do fogo nos pilares escurecidos assim como um ligeiro cheiro de fumo.
A igreja é também conhecida por ter relíquias dos pastorinhos, parte do lenço de Lúcia e rosário de Jacinta que usavam quando ocorreu o milagre de Fátima, no dia 13 de maio de 1917.
Em frente à igreja num pequenina taberna pode-se beber a famosa ginjinha, um licor de ginja.