La bodega del Santa Eulàlia tiene una capacidad de 340 m3 y 190 toneladas.
Ha sido utilizada para transportar todo tipo de mercancías, pero sobre todo sal, materiales de obra (cemento), naranjas, cereales y madera.
La carga de las mercancías se hacía por las escotillas de la bodega, con la ayuda de aparejos de servicio, con los que desde la cubierta se alzaban los bultos que había en el muelle y se subían a bordo, introduciéndolos en la bodega. Las mercancías se tenían que estibar convenientemente, distribuyendo los pesos de manera que el centro de gravedad de la nave no variase y atándolos bien para evitar que se produjese un desplazamiento de la carga durante el viaje, lo que comportaba una desestabilización de la nave.
Esta distribución racional de los espacios responde a la finalidad para la cual fue construido el pailebote: el transporte de mercancías. Los barcos que se dedicaban a esto tenían que disponer de una gran bodega de carga y tenía que estar en la parte central del barco, para la buena distribución de los pesos y del centro de gravedad.
La bodega del Santa Eulàlia consiguió recuperar el aspecto que tenía originalmente –de esta manera nos podemos hacer una idea de la cantidad de espacio destinado a la carga- y se ha dotado con piezas propias de la época, como por ejemplo las defensas hechas con cabos, recambios de maniobras, de cabos y poleas, etc.