De Leuvense universitaire botanische tuin werd op deze plek aangelegd in de negentiende eeuw. Zijn voorganger lag aan de overkant van de straat, achter het achttiende-eeuwse anatomische theater. De grondlegger van de moderne anatomie was Andreas Vesalius, die begin zestiende eeuw studeerde in Leuven. Hij volgde wijsbegeerte en rechten aan de pedagogie de Burcht en Grieks en Latijn aan het Drietalencollege. Van 1532 tot 1536 zette hij zijn studies voort in Parijs. Daarna kwam hij even terug naar Leuven, waar hij anatomie doceerde in het openbaar. Maar al in 1537 vertrok hij naar Padua, waar hij promoveerde en bijna onmiddellijk werd benoemd tot hoogleraar in de chirurgie.
Wetenschappelijke kruidtuinen zijn een voortzetting van de medicinale tuinen van kloosters en abdijen. De eerste die planten volgens hun fysiologische kenmerken indeelde en niet, zoals gebruikelijk, alfabetisch of volgens hun vermeende geneeskrachtige werking, was Rembert Dodoens. Hij behaalde in 1535 al op achttienjarige leeftijd zijn licentiaat in de geneeskunde aan de Leuvense universiteit. Zijn beroemde ‘Cruydeboeck’ publiceerde hij in 1554.