(mentionné au XIIème siècle) sous le nom de Viller, Villar (dérivé de villa : domaine) et appelé Vilers Morochers après 1223, du nom de la célèbre famille bourguignonne des Morhier qui possédera la Seigneurie jusqu'au début du XVème siècle.
Villars-Montroyer s'appellera Villars-Santenoge, après la fusion le 5 juin 1972, avec la commune voisine de Santenoge.